Entre las principales desventajas de los datos secundarios destacan la posible falta de relevancia específica al problema estudiado, la desactualización y la falta de control sobre la calidad y método con que fueron recolectados. Además, pueden presentar sesgos o insuficiencia para obtener conclusiones detalladas, limitando la profundidad de análisis en investigaciones exploratorias cualitativas donde se requiere información contextualizada y de calidad.